Na forum Rosetty znalazłem ciekawą rozmowę:
Cytat
[VENETO] boboviz
From the article link in home page:
"Baker said the most promising discoveries are licensed to private companies to carry on the research and find out if the proteins really do what researchers thought they would do. "We do simple things, then license the results to a pharmaceutical company," he said."
I always thought that the results were public, open.....
____________
David Baker
All results of rosetta@home are public. as has been discussed before in these forums, the only way to actually get a potential drug into the clinic is to have a company license potential drug candidates from the university and spend the $$$ required for testing. if the company does not pursue this actively, they lose the opportunity and the university finds another company to develop the drug.
as I pointed out before, this is illustrated by the fact that the Gates foundation (and other charities) will not fund projects if there is not a clear plan for companies to develop possible drug candidates that come out of it, because they know that without this the things that are discovered will never contribute to improving health.
____________
Mod.Sense
Would it be correct to say that as your lab discovers protein structure prediction techniques, these techniques are published and publicly available... but as the technique is used to develop a specific protein drug therapy that the drug candidate is licensed, i.e. owned by some non-public entity?
So example, there are now work units studying Ebola virus. We will be donating our computing time to help you study the Ebola virus. You might code up some new techniques in an effort to reach an accurate structure prediction sooner, or reach an accurate prediction for a structure with unique properties that make it less predictable using the prior techniques. And then the outcome of our crunching would be... what? A short-list of drug candidates? Or target sites? Or structure prediction techniques? At what point, and which of those, would things go private and under license?
____________
David Baker
The ebola work units are designing small proteins to bind to the Ebola virus. we will collect the results from all of the runs, and test those predicted to bind the virus most tightly in our experimental lab. the proteins that do bind the virus will then be tested to see if they block the virus from infecting cells. if they do, the next step is to see if they can be used as drugs to block Ebola infection. this we cannot do in my lab. a government agency could take this over for testing in a specialized lab, or the university could license to a company on the condition that the company push forward on getting the designs into the clinic
as fast as possible.
Można całość znaleźć tutaj: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5510&nowrap=true#73811 (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5510&nowrap=true#73811)
Wygląda na to, że ludzie odpowiedzialni za Rosettę zajmują się głównie działką symulacji komputerowej. Natomiast w kwestii badań doświadczalnych i weryfikacji tego, co wypluwa Rosetta, jest już znacznie ubożej, ze względu na dość mocno ograniczone laboratorium. W tej sytuacji dodatkowe, specjalistyczne badania zespół zleca... no właśnie, zewnętrznym firmom farmaceutycznym poprzez udostępnianie na licencji wyników swoich własnych badań (poprawcie mnie jeśli coś namieszałem).
Żeby było jasne - nie będę się zachowywać dziecinnie i mam świadomość, że opracowanie nowego produktu medycznego wymaga pieniędzy na różne testy, żeby był bezpieczny i działał jak należy. Tak samo zespół Rosetty powinien być wynagrodzony adekwatnie do swojej pracy włożonej w projekt.
Jednak dobrze by było żebyśmy my, wolontariusze mocno zaangażowani w całe przedsięwzięcie, wiedzieli coś więcej na temat układów z firmami trzecimi, jak one przekładają się na dystrybucję finalnego produktu (którego powstanie jest ściśle powiązane z naszym wkładem), czy staje się on własnością danej firmy, czy może jest dostępny na zasadzie ogólno-dostępnego patentu?
Czy kotś może się odnieść do powyższego?
Ha, odnieść się mogę, ale dobra odpowiedź wymaga napisania książki o Rozetce. :)
Przepraszam za lag: widziałem Twoje pytanie wieki temu, ale odłożyłem to "na moment", bo szkic przyzwoitej odpowiedzi wymaga sporego rozpisania się i researchu (w końcu i pamięć nie ta, i sporo się tu zmieniało a miałem przerwę w śledzeniu). Jako że ten moment nie nadejdzie :) a pytanie jest IMVHO bardzo ważne, strzelę coś od siebie na szybko z palca.
Po pierwsze, autorowi pytania wystarczyła odpowiedź, że finansowanie badań podstawowych (np. z grantu Fundacji Gatesów) jest często uzależnione od istnienia jasnej ścieżki wykorzystania - co w praktyce może oznaczać komercjalizację (np. firma farmaceutyczna będzie chciała licencjonować związek chemiczny - afair patentowalny - za $ dla uniwersytetu i pod warunkiem wyłożenia $$$ na badania nad potencjalnym lekiem. Innym potencjalnym przejmującym pałeczkę jest agencja rządowa, jakiś non-profit czy uniwersytecka jednostka badawcza - choć w praktyce w dzisiejszym świecie zazwyczaj prędzej czy później w opracowanie leku włączają się firmy farmaceutyczne.
Po drugie: opracowanie leku to poważna sprawa, wymagająca wielu specjalistów, czasu i pieniędzy. Laboratorium Davida Bakera nie jest wielką jednostką i zajmuje się przede wszystkim:
1. technikami obliczeniowymi w biochemii - rozwojem oprogramowania służącego do predykcji trójwymiarowej formy zadanych białek oraz 2. zbieraniem i udostępnianiem innym infrastruktury do symulacji komputerowych.
Z tego co pamiętam, nie raz informowano o współpracy Bakera w swych badaniach z innymi jednostkami naukowymi - np dostarczającymi trójwymiarowych obrazów białek pochodzących z krystalografii rentgenowskiej (wikipedia (http://pl.wikipedia.org/wiki/Rentgenografia_strukturalna)) lub testującymi proponowane sekwencje w tzw. mokrym laboratorium (wet lab) - tu pamiętam współpracę z Scripps Institute. Na prędko nie sprawdzę co wiadomo o współpracach z podmiotami komercyjnymi - takie rzeczy powinny być dostępne w informacjach uniwersytetu.
Natomiast z powodu długości działania Rosetty, liczby różnych badań tam prowadzonych i zmieniającej się funkcji opis wszystkiego to spore wyzwanie. Warto pamiętać o różnych zadaniach Rosetty:
1. O ile dobrze pamiętam podstawowym zadaniem Rosetty był rozwój samych technik obliczeniowych (Rosetta nie robi superdokładnego odwzorowywania zwijania się białka, ani nawet mniej dokładnego a szybszego jak w Folding@home, ale ma algorytmy zgadująco-porównująco-losujące, robiące skoki w miejsce powolnej ewolucji). Poszczególne uzyskane obrazowania były drugorzędne i służyły jako probierz jakości algorytmów i software'u. Dopiero uzyskany soft ktoś mógł wziąć dalej i wykorzystywać do szukania np. potencjalnych leków na stany zapalne (np. białka łączącego się z wybranym receptorem).
2. Z tego co kojarzę (jeśli się mylę, niech ktoś poprawi!), razem z poprawą jakości oprogramowania i wzrostem mocy coraz więcej uwagi poświęcano rozwiązywaniu konkretnego zagadnienia. Tak jak np. dawno temu po prostu mielono różne algorytmy czy wyszukano Rosettą jakiś średnio skuteczny enzym - by zademonstrować, że daje się ręką człowieka stworzyć nieznany w przyrodzie enzym dla danej reakcji - tak lata później poważnie szukano np. potencjalnych leków na grypę czy Ebolę.
3. Z tego co pamiętam, istniało rozgraniczenie między jednostkami puszczanymi do wolontariuszy R@h, a rzeczami robionymi na zwykłym serwerze; istniała też możliwość licencjonowania przez jednostkę: non-profit lub komercyjną - oprogramowania Rosetta (to drugie na pewno było płatne, co potwierdza cytat: Rosetta is available to all non-commercial users for free and to commercial users for a fee. ).
Pamiętam też komunikaty, że przez R@h będą rozsyłane próbki do badań prowadzonych przez zaprzyjaźnione grupy badawcze spoza Baker Lab. Podobnie informowano o nowych projektach np. przychodzącego doktoranta czy postdoca.
Co do pierwotnej natury Rosetty - badań dość podstawowych - osobiście mi się podobała. Tak jak wiele osób oczekuje efektu natychmiast i szukania środka na konkretny problem (a najlepiej ogólnie "chorobę" typu "raka") - tak mi pasowała praca od podstaw, nad narzędziem, które będą mogli wziąć różni naukowcy, komercyjni i niekomercyjni, i wykorzystać na różne sposoby. Takie narzędzia oczywiście w końcu by powstały, ale im szybciej i bardziej wolne, tym dla mnie lepiej. :)
W poszukiwaniach do czego może służyć Rosetta@home, może pomóc link rosettacommons.org (https://www.rosettacommons.org/). Lista partnerów z instytucji badawczych/edukacyjnych jest bardzo ładna, a wśród nich jest... Uniwersytet Warszawski! :boing: Niestety bez opisu jednostki / badacza, natomiast google szybko podaje w PubMed artykuł (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3160850/), którego pierwszym autorem jest dr Dominik Gront z Pracowni Teorii Biopolimerów (http://biocomp.chem.uw.edu.pl/) Wydziału Chemii UW. Artykuł jest w PLoS One, sztandarowym piśmie OpenAccess, więc jest bezpłatny. :parrrty: Gratulacje dla pana Dominika!
Tyle na początek. Dołącza się ktoś do poszukiwań? :)
Kwestią mocno dyskusyjną z punktu widzenia wolontariuszy BOINC jest kwestia licencjonowania wyników dla pojedynczej firmy farmaceutycznej. Gdyby faktycznie formuła danego lekarstwa była upubliczniona i wolna od patentów to ok, ale jakoś nie jestem taki naiwny żeby w to wierzyć.
Oczywiście zdaję sobie sprawę, że dalsze badania, zwłaszcza kliniczne, są bardzo drogie i ktoś musi za to zapłacić i moim zdaniem w tego typu projektach tym "ktosiem" powinna być jednostka publiczna z obowiązkiem "uwolnienia" leku po przetestowaniu.
Zupełnie inną sprawą jest fakt, że mogę postawić orzechy przeciwko diamentom że komercyjny licencjonobiorca nie zająknie się ani słowem w swoich materiałach, że materiałem bazowym do powstania lekarstwa były badania wolontariuszy...
Cytat: krzyszp w 09 Czerwiec 2015, 10:53
Kwestią mocno dyskusyjną z punktu widzenia wolontariuszy BOINC jest kwestia licencjonowania wyników dla pojedynczej firmy farmaceutycznej. Gdyby faktycznie formuła danego lekarstwa była upubliczniona i wolna od patentów to ok, ale jakoś nie jestem taki naiwny żeby w to wierzyć.
Oczywiście zdaję sobie sprawę, że dalsze badania, zwłaszcza kliniczne, są bardzo drogie i ktoś musi za to zapłacić i moim zdaniem w tego typu projektach tym "ktosiem" powinna być jednostka publiczna z obowiązkiem "uwolnienia" leku po przetestowaniu.
Zupełnie inną sprawą jest fakt, że mogę postawić orzechy przeciwko diamentom że komercyjny licencjonobiorca nie zająknie się ani słowem w swoich materiałach, że materiałem bazowym do powstania lekarstwa były badania wolontariuszy...
Nu tak: aczkolwiek w życiu nie widziałem na ulotce albo reklamie leku spisu publikacji naukowych, na podstawie których go opracowano, podziękowań dla badaczy, uniwersytetów, albo pani od chemii, która uczyła w podstawówce. :) Podobnie na opakowaniach komputerów nie ma podziękowań dla noblistów od tranzystorów czy badaczy elektryczności. :D
Czy takie rzeczy się w ogóle ujawnia - podejrzewam, że tak: w jakichś publikacjach, materiałach konferencyjnych, zgłoszeniach badań klinicznych do agencji leków czy komisji etycznej (w XXI wieku raczej nie można napisać "chcemy przetestować taką cząstęczkę w walce z drobnokomórkowym rakiem płuc, bo tak nam się przywidziało i mamy kaprys." :D). Natomiast dla konsumenta to może być trudniej dostępne - może mamy jakiegoś biochemika czy farmakologa z taką wiedzą na pokładzie? :)
Co do natury dealu - wiedząc jak to są wielkie pieniądze i jak współczesne państwa darowały sobie bezpośrednie opracowywanie leków - chyba marna szansa na lek publiczny. Co najwyżej na forum np. ONZ i negocjacji dwustronnych licencjonuje się / sprzedaje się lek bardzo tanio do np. biednych krajów rozwijających się. Zmiany tego modelu to już solidna walka polityczna.
Oczywiście, na takie deale oraz (m.in. amerykańską, ale i polską jak z Ammono) praktykę zezwalania naukowcom na komercjalizację przez zakładanie własnej firmy samodzielnie czy z uniwersytetem można patrzeć różnie. W przypadku dealu podejrzewam, że zazwyczaj wszyscy blisko zainteresowani są zadowoleni - a czy to jest najskuteczniejszy model i czy negocjacje były fair - tutaj się zwyczajnie nie znam. Jeśli czyta nas jakiś przedstawiciel np. funduszu inwestycyjnego nowych technik / technologii podwyższonego ryzyka i może coś dopowiedzieć jak to z tej strony wygląda, będzie fajnie. Mój znajomy pracuje w czymś takim i mówi, że same badania dość podstawowe to grube pieniądze i wielkie ryzyko, do tego trudne w ocenie. W tych warunkach marże muszą być solidne.
Natomiast od pewnego czasu słychać głosy, że ten model finansowania badań się po prostu wyczerpuje i trzeba go zmienić - ale samotnie nikt tego nie zrobi.
Dzięki Aegis za odpowiedź :) , już myślałem, że moje pytanie było zbyt trudne, albo po prostu zbyt niewygodne...
Cytat: Aegis Maelstrom w 09 Czerwiec 2015, 21:48
Czy takie rzeczy się w ogóle ujawnia - podejrzewam, że tak: w jakichś publikacjach, materiałach konferencyjnych, zgłoszeniach badań klinicznych do agencji leków czy komisji etycznej (...). Natomiast dla konsumenta to może być trudniej dostępne (...)
No właśnie, dużym firmom zależy na umiejętnym budowaniu swojego wizerunku, czyli że to one są takie innowacyjne, a nie że korzystają z pomocy grupy komputerowych zapaleńców ;).
Cytat: Aegis Maelstrom w 09 Czerwiec 2015, 21:48
Co do natury dealu - wiedząc jak to są wielkie pieniądze i jak współczesne państwa darowały sobie bezpośrednie opracowywanie leków - chyba marna szansa na lek publiczny.
Myślałem nad tym dość długo. Czy to jest ok, że efekty mojej pracy wolontariusza staną się czyjąś prywatną własnością i będzie z tego czerpał korzyści? Doszedłem do wniosku, że jednak wolę zainwestować w jakikolwiek postęp, niż nie robić nic. Lepiej kupić jakiekolwiek rozwiązanie, niż żeby go nie było wcale.
No i przekonuje mnie też to, że potrzebna jest spora inwestycja środków, żeby przekuć "teoretyczne" wyniki tej pracy na praktyczne rozwiązania.
Ale widzę też nadzieję, bo:
Cytat: Aegis Maelstrom w 09 Czerwiec 2015, 21:48
Natomiast od pewnego czasu słychać głosy, że ten model finansowania badań się po prostu wyczerpuje i trzeba go zmienić - ale samotnie nikt tego nie zrobi.
Tutaj na myśl przychodzi mi spór "Katedra vs bazar", Kickstarter itp. Z pewnością trudne będzie przełożenie tego na pole medycyny, ale uważam, że nie niemożliwe :).
Cytat: Aegis Maelstrom w 09 Czerwiec 2015, 21:48
Tyle na początek
Z chęcią poczytam więcej. Oraz przestudiuję podane przez ciebie linki. :)
Ciekawy temat - piszcie dalej, chętnie poczytam.
Nie zapominajcie też o tym ze patent na lek służy konkretnemu celowi. Odzyskaniu pieniędzy za badania. Najdroższa cześć czyli właśnie badania kliniczne i wydatki związane z dopuszczeniem leku do obrotu w poszczególnych krajach (to ze lek jest sprzedawany w USA nie znaczy ze zostanie dopuszczony na rynek Polski) musi się firmie zwrócić, ba musi się opłacić. Wszak to jest biznes. I tak po kilku latach firmy farmaceutyczne są zmuszane do sprzedaży licencji na lek (stad powstają generyki).