BOINC@Poland

Inne => Archiwum => Zakończone projekty => Wątek zaczęty przez: Bober w 14 Maj 2007, 00:58

Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Bober w 14 Maj 2007, 00:58
http://hydrogenathome.org/
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kempler w 14 Maj 2007, 17:00
Ciekawi się zapowiada. Oby ruszyło jak najszybciej
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: miszol w 15 Maj 2007, 15:57
CytatHydrogen@Home is not affiliated with any research Institute or University.
czyli chodzi o to że liczymy dla prywatnej firmy?
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: AL w 26 Czerwiec 2007, 01:59
Drużynka (http://hydrogenathome.org/team_display.php?teamid=18). Za projekt jest odpowiedzialny Jack Shultz - i póki co narzeka na brak doświadczenia - więc trudno powiedzieć.
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kempler w 09 Sierpień 2007, 23:33
Moje tłumaczonko

Hydrogen@home bada czyste technologie produkcji wodoru do celów energetycznych.
Wodór używany w ogniwach paliwowych nie powoduje emisji gazów cieplarnianych. Jednak najbardziej ekonomiczna metoda jego produkcji (Methane Reformation) powoduje produkcję gazów cieplarnianych.

Idealnie, wodór pochodzący z wody może nie powodować produkcji gazów cieplarnianych. Jedną z metod jest zwiększenie wydajności metod wykorzystujących reakcje fotobiologiczne. Reakcje te wykorzystują zdolność wytwarzania wodoru przez niektóre szczepy bakterii oraz niektóre gatunki alg w procesie fotosyntezy.

Hydrogen@home próbuje przewidzieć poprzednio nie scharakteryzowane związki biokatalizatorów. Jest to próba znalezienia najbardziej wydajnej metody produkcji wodoru.

By to osiągnąć, Hydrogen@home symuluje wzajemne oddziaływanie białek oraz podłoża. Struktury są uzyskiwane z Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: bartsob5 w 28 Sierpień 2007, 22:28
jak zapewne wiecie, hydrogen mial dotychczas skopana aplikacje liczaca na windowsie, co powodowalo natychmiastowe przerwanie probki (z czasem 0:00:00) developerzy popracowali nad nia ostatnio i chyba znow cos im nie wyszlo.

probka sama odpalila wygaszacz (ktory mam wylaczony), czas cpu mial wartosc ---, postep tak samo, probka przetwarzana, reszta stoi, zuzycie procka 0%... wygaszacz? screena nie mam, ale to taka rozowa bryla ktora odbija sie od scian...

no nic, zalecana jest cierpliwosc i scisla kontrola czy przypadkiem cos jest nie tak...
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: AL w 13 Wrzesień 2007, 21:26
Chłopaki - brać się do roboty. Aplikacja pod winde śmiga jak ta lala. Złapałem kilka WU - które się przeliczyły i zapunktowały. Uwaga - są bardzo króciutkie - góra 3min.
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: bartsob5 w 13 Wrzesień 2007, 21:29
lol, gdyby nie ty, to bym nawet nie zauwazyl ze moj potwor 9 juz zezarl i nastepne czekaja w kolejce... poszla wlasnie 42 godzinna z qmc - boj sie mchl!
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kret w 05 Grudzień 2007, 16:00
miał bym prośbę..do kogoś kto liczy Hydrogena o założenie na ichnim forum tematu w moim imieniu..już piszę o co chodzi..szukałem sposobu na dopisanie się do projektu, jakiś invitation code czy coś, no ale takie nie było jak..więc zwróciłem się do AL'a z zapytaniem w tej sprawie, jako foundera drużynki..okazało się, ze ma zapasowe konto! :) oczywiście skorzystałem i uśmiechnąłem się o nie :) no i wszystko super..zmieniłem hasło, email, nazwę, ustawiłem swoje preferencje i spoko..ściągałem próbki, liczyłem..ale trwało to może z tydzień? konto sie zresetowało, zarówno punktowo jak i pod względem ustawień..więc ogólnie 0 creditsów, mail, nazwa i hasło takie jak przed zmianą czyli takie jak dostałem od AL'a :((( pytałem go już o to i mówił, ze zdarzyło mu się to w sumie 3 razy..no a mi? zdarza się ciągle..za każdym razem jak zmienię dane to wracają do poprzednich :/ nie wiem co z tym zrobić..stworzyłem już taki temat na forum Hydrogena, ale ponieważ konto się znów zresetowało..zniknął też temat :/ prosił bym o pomoc, ponieważ w sumie nie wiem co powoduje te resety i w sumie nie wiem też co z tym zrobić..
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: AL w 05 Grudzień 2007, 16:43
Z tego co ostatnio Jack Shultz pisał na ichnim forum - to były to jakieś błędy z jego strony które powstały prawdopodnie podczas upgradu Apache webserwera ( zresztą jak się przyznał zupełnie niepotrzebne :-k  ...). Miejmy nadzieję, że to się już nie powtórzy, tym bardziej, że jak wynika zostatniego newsa ze strony Hydrogena,

CytatDecember 4, 2007
Thanks to some help from TJM from Enigma, I finally got the Apache Webserver upgraded. This may help with some upload issues we are experiencing. Results getting truncated on upload thus limiting our ability to do further analysis much less illustrate the results of the docking simulation. Drawback was data loss from mid-November.

nasz TJM pomagał mu rozwiązywać pewne problemy. Niestety minusem tej sytuacji jak wynika z owego newsa jest utrata danych z końca listopada.

Tak na marginesie od siebie dodam, że Jack Shultz jest chyba kompletnym komputerowym laikiem który wziął się za stworzenie projektu na platformie BOINC - i stąd wynikają te wszystkie problemy. Ilość błędów jaka przytrafiła się temu projektowi bije inne na głowę. Poza tym na BOINCowej liście mailingowej od kilku m-cy Jack Shultz - dominuje - zgadnijcie dlaczego  :wink: .
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kret w 05 Grudzień 2007, 16:48
widziałem to info..a wczoraj wogóle po wejściu na stronę ukazywała się piekna struktura wszystkich plików na nim umieszczonych :P cały kod strony, forum i ogólnie wszystko :P

no więc próbuję jeszcze raz ustawiać to konto..to już chyba 5 :D
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: bartsob5 w 05 Grudzień 2007, 18:52
Cytat: "kret"widziałem to info..a wczoraj wogóle po wejściu na stronę ukazywała się piekna struktura wszystkich plików na nim umieszczonych :P cały kod strony, forum i ogólnie wszystko :P

tak, tez to zauwazylem, a sprawdzalem tylko dlatego ze mi wcielo jakies 7 punktow, co przy ogolnej liczbie 130 to sporo...
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kret w 05 Grudzień 2007, 20:46
mi wcięło 2.2..przy ogólnej liczbie 2.2 to nawet więcej niż sporo ;)
Tytuł: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 06 Grudzień 2007, 23:25
Nadal potrzebujesz tam konto ? Jeśli da się pozmieniać wszystkie dane w jakimś istniejącym, to mogę ci dać acc który zrobiłem podczas testów stronki.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 08 Styczeń 2008, 00:25
Jak założyc w tym czymś konto???
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kret w 09 Styczeń 2008, 17:28
no z tym jest problem w sumie..bo zamknięta jest możliwość tworzenia kont już od jakiegoś czasu ;) ostatnio miałem podobny problem ;) chodziłem, szukałem, aż dzięki uprzejmości AL'a dostałem od niego konto, które stowrzone zostało przez Niego 'na zapas', bo wiadomo było, że otworzyli zapisy na krótko ;) trzeba pytać i szukać :)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: AL w 10 Styczeń 2008, 15:58
Ja już chwilowo nie mam "zapasowych", ale TJM kilka postów powyżej coś wspomina, że ma jakieś na zbyciu. Proponuje uderzyć do niego na pw.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kret w 11 Styczeń 2008, 07:30
konto od Ciebie AL przestało już wariować i śmiga jak ta lala! ;) faktycznie jest tak jak mówiłeś, że się czasami wywali coś, ale ogólnie to i tak jest dość stabilnie się liczy :)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 11 Styczeń 2008, 16:38
Konta na zbyciu niestety już nie mam, wcięło je podczas rollbacków kiedy admin miał jakieś kłopoty.
Jednak nietrudno się wkręcić, wystarczy umotywować jakoś chęć uczestnictwa - projekt cały czas się rozwija i admin potrzebuje trochę alpha-testerów, myślę że jakby się z nim skontaktować, udostępni hasło do tworzenia kont.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: AL w 11 Styczeń 2008, 16:43
BTW teraz zczaiłem, że chyba jeszcze mam jakieś jedno zapasowe konto - tylko muszę sobie przypomnieć namiary na nie. Także jak ktoś chętny to odzywać się do mnie na pw.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: stasieks w 25 Styczeń 2008, 18:00
Z mila checia zaopiekuje sie samotnym kontem, jezeli ktos ma inny pomysl na liczenie w tym projekcie - prosze o kontakt.  :)

Edit: Juz mam konto w projekcie - email do osob odpowiedzialnych za projekt pomogl.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Czerwek w 08 Marzec 2008, 21:56
Posiada ktos jakies zupelnie niepotrzebne samotne konto? chetnie przygarne :)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 22 Kwiecień 2008, 17:37
Znów jest jakiś problem z Hydrogenem...
Wczoraj się dopisałem do projektu - ściągnęło 4 unity. Pierwszy miał cały czas 0%, czas robienia i czas do zakończenia wydłużały się i w końcu Error. Następne próbki - robiły się ładnie do 62,5% i stop, czas leci, czas do końca coraz dłuższy - Abort !!

Ten projekt to jakaś porażka niestety...
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kempler w 22 Kwiecień 2008, 17:53
Czy ja wiem czy porażka.. Projekt jest stosunkowo nowy. Twórcy ciągle próbują go usprawniać i w związku z tym są problemy. Twój problem wynika prawdopodobnie z tego że twórcy dodają nowe pierwiastki do przeliczanych modeli i zdarza się że brak jest ich  parametrów. Brak parametrów jest spowodowany prawdopodobnie tym że w tej chwili można tworzyć własne WU i chyba niektórzy nie robią tego prawidłowo.

Poza tym to jest Alfa..
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: RAD-Poland w 22 Kwiecień 2008, 21:28
potwierdzam są pewne błędy i to poważne również pod Linuksem, w uszkodzonych próbkach aplikacja nie może otworzyć pliku i blokuje jeden rdzeń startując i kończąc aplikacje aż do ręcznego ubicia procesu

mimo problemów miałem dzisiaj niezłe łowy 30 jednostek  :) w tym 8 błędnych  :-\

póki co trzeba kontrolować pracę tego projektu i nie zostawiać go bez nadzoru (osobiście na noc wyłączam pobieranie nowych próbek)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Kormiro w 08 Maj 2008, 18:00
Może się ktoś pochwalić, jak często serwuje Hydrogen próbki do przeliczenia?
Cytat2008-05-08 17:37:01|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18672 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:37:06|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:38:06|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18677 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:38:11|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:39:12|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18681 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:39:17|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:40:17|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18684 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:40:22|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:41:22|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18687 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:41:27|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
2008-05-08 17:43:58|Hydrogen@Home|Sending scheduler request: To fetch work.  Requesting 18699 seconds of work, reporting 0 completed tasks
2008-05-08 17:44:03|Hydrogen@Home|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: AL w 08 Maj 2008, 18:27
Ostatnio ciężko z nimi. Na serwerze często się pojawiają - ale są one chyba tylko dla MAC'owców - bo ta platforma od niedawna zaczęła być obsługiwana przez ten projekt. Może jak już przetestują co mają przetestować to sypną WU i na inne platformy.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Machloj w 08 Maj 2008, 20:42
no ja dziennie 1-2 próbki zgarniam...
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Kormiro w 08 Maj 2008, 21:11
Cytat: Machloj w 08 Maj 2008, 20:42
no ja dziennie 1-2 próbki zgarniam...
sprzedaj mi patent ;)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Kormiro w 13 Maj 2008, 12:37
Czy ktoś mi może powiedzieć co się dzieje?
Cytat2008-05-13 12:30:10|Hydrogen@Home|Starting task nsc2560.mol2_pdb1fcd.pdb_1210672206_9 using autodock version 891
2008-05-13 12:30:29|Hydrogen@Home|[error] Can't rename output file nsc2560.mol2_pdb1fcd.pdb_1210672206_9_0
2008-05-13 12:30:29|Hydrogen@Home|Computation for task nsc2560.mol2_pdb1fcd.pdb_1210672206_9 finished
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 13 Maj 2008, 13:05
Może kwestia uprawnień do pliku/katalogu? Jaki masz system? i jak instalowałeś boinca :D
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Machloj w 13 Maj 2008, 13:13
Cytat: Korzec w 08 Maj 2008, 21:11
Cytat: Machloj w 08 Maj 2008, 20:42
no ja dziennie 1-2 próbki zgarniam...
sprzedaj mi patent ;)

komputer włączony 24h na dobę po prostu mam...
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Kormiro w 13 Maj 2008, 14:42
Winda XP.
przeinstalowałem testowego boinca 6.2.1 na 5.10.45
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: stasieks w 19 Maj 2008, 12:12
Projekt ma problemy z autoryzacja. Nalezy odlaczyc i dolaczyc sie do projektu celem odnowienia klucza.

Please Detach from Hydrogen@Home. We are experiencing issues with the new key and require everyone to reattach. If everyone downloads at the same time, I'm afraid we will have a bandwidth problems. On Monday I will put it back online, if you are user id 1-500, go ahead and attach. Otherwise wait until Wendesday.
-Jack
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Lemurek w 16 Wrzesień 2008, 22:44
Witam,
chłopaki jak można podłączyć się do tego projektu? Na jaki adres można napisać do leadera tego projektu? Może ktoś dysponuje jakimś wolnym kontem tego projektu? Dzięki za wszelką pomoc.
Pozdrawiam.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: kempler w 16 Wrzesień 2008, 22:52
Trzeba mieć klucz aktywacyjny. A adres hmmmm ja pisałem ostatnio w związku z inną sprawą na maila ze strony ale zero odzewu  :-\
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Lemurek w 16 Wrzesień 2008, 23:45
Cytat: kempler w 16 Wrzesień 2008, 22:52
Trzeba mieć klucz aktywacyjny. A adres hmmmm ja pisałem ostatnio w związku z inną sprawą na maila ze strony ale zero odzewu  :-\

Hehe zauważyłem :P Spróbuję napisać na maila jeszcze z głównej strony, gdzie go znajdę?
Tytuł: Hydrogen@home-klient
Wiadomość wysłana przez: TJM w 20 Listopad 2008, 09:56
Akurat z hydrogena zadania można dorwać codziennie, trzeba tylko mieć klienta który niezrażony ich brakiem często requestuje.
Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: RAD-Poland w 20 Listopad 2008, 18:10

request Boinc najlepiej ustawić co 5 minut, zsynchronizować czas z serwerem i dodać eksperymentalnie 3-6 sek w zależności od łącza net (udawało mi się podczas testów złapać ok 80% wszystkich próbek projektu)  XD - stąd ten okrągły 1k punktów

niestety aplikacja ma błąd i co kilka próbek jest error (pod windowsem tracisz 3-4 sek, a pod Linuksem blokuje aż do ręcznego "ubicia" procesu)
ten błąd uniemożliwia pracę automatyczną z projektem pod Linuksem, Windowsa nie mam, a pod Windows Serwer 2008 RC nie wysyłają próbek :(
Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 20 Listopad 2008, 18:14
U mnie pod linuksem żadnych błędów nie ma, wprost przeciwnie to pod Windows okazjonalnie zdażały się jakieś error-popupy blokujące całego managera, a parę razy nawet zdarzyło się zniknięcie całego BOINCa i managera z procesów z ładnym wpisem o crashu hydrogena na końcu logu.
Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: RAD-Poland w 20 Listopad 2008, 18:26
może coś poprawili, dość dawno nie liczyłem
problem był taki, że proces przeliczania próbki przechodził przez kilka wywoływanych aplikacji, proces dochodził tak do 1/3 i MB próbował uruchomić kolejną aplikację i błąd i tak tak w kółko do ..... ubicia procesu (próby i błędy były na systemie Linux 64bit)

jeśli tak jest jak piszesz - to w weekend po testuję
Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 20 Listopad 2008, 18:29
Podobne zachowanie u siebie widziałem z jakimiś zadaniami, ale nigdy nie restartowały się w nieskończoność - zawsze parę razy i zwracało błąd.
Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: RAD-Poland w 20 Listopad 2008, 18:39
bywało po 5-6 godzin - poszedłem do pracy, wracam a tu zonk
kilka razy po 20-30 min (testowałem)
aby dobić do 1k pkt - uruchamiałem tylko wtedy gdy byłem przy kompie i ręcznie ubijałem (z tego co pamiętam to było co kilkanaście próbek)
ale może już poprawili ten błąd
i drugi z brakiem spójności bazy próbek, dostawałeś próbkę a po 30-60 sek - abort próbki przez serwer, sprawdzasz po numerze próbki a dostał ją inny użytkownik, a na twoim koncie ani śladu (był to częsty błąd gdy serwer udostępnił/wygenerował 2 lub więcej próbek w krótkim czasie)

Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 20 Listopad 2008, 18:56
Raczej to był błąd gdy koleś który tym zarządza przywracał backupa  XD
Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: RAD-Poland w 20 Listopad 2008, 19:17
nie to nie nie były backup'y
błąd występował nagminnie kilka razy dziennie (niemalże zawsze gdy serwer wygenerował kilka wu z tym samym czasem utworzenia próbki)
ale może w sobotę przetestuję
Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: AiDec w 20 Listopad 2008, 19:30
Cytat: TJM w 20 Listopad 2008, 09:56
Akurat z hydrogena zadania można dorwać codziennie, trzeba tylko mieć klienta który niezrażony ich brakiem często requestuje.

A moze cos wiecej w tym temacie? Jakiego klienta? Skad?


Cytat: RAD-Poland w 20 Listopad 2008, 18:10
request Boinc najlepiej ustawić co 5 minut, zsynchronizować czas z serwerem i dodać eksperymentalnie 3-6 sek w zależności od łącza net (udawało mi się podczas testów złapać ok 80% wszystkich próbek projektu)  XD - stąd ten okrągły 1k punktów

A moze cos wiecej w tym temacie? Jak ustawic taki request?




Panowie, prosze. Wiecej konkretow. Porad, ale takich praktycznych. Takich ktore faktycznie pomoga. Bo z tego co piszecie dla typowego usera nie wynika kurna nic. To tak jak na imprezie strzelic tylko jedna banie. Szkoda sobie w ogole smaka robic.
Tytuł: Hydrogen@home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 20 Listopad 2008, 20:38
Klient - każdy, robisz sobie w windowsie plik bat w którym dodajesz wywołanie boinccmd z update projektu który chcesz np. co 5 minut - przydatna jest komenda 'sleep.com' którą da się dodatkowo zaciągnąć z netu lub wywołanie pinga do jakiegoś lokalnego kompa z 300 powtórzeniami %-) BATa zapętlasz żeby się w kółko wykonywał (jest instrukcja goto) i tyle.
Ale szczerze - szkoda czasu na kombinowanie, w projekcie zadań jest tak mało, że nic ciekawego nie da się osiągnąć, lepiej już zostawić i niech sobie policzy parę jak akurat się trafią.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 09 Styczeń 2009, 22:17
Hydrogen ma nowy serwer, trwają testy i jest masa testowych WU do zassania, można sobie trochę punkty podreperować %-)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Machloj w 09 Styczeń 2009, 22:50
już się chyba rozeszły...na szczęście z 200 złapałem :)

edit. a jednak wciąż jest pod dostatkiem - ale to takie 2-5 sekundowe...
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 10 Styczeń 2009, 01:49
bo to chyba słynny uppercase :D
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 10 Styczeń 2009, 21:28
Skończyły się wczoraj niedługo po tym jak napisałem posta. I tak był limit 1000/core, więc przy punktacji rzędu 0,03 za zadanie nie dało się za wiele punktów natrzepać, ale zawsze coś. No i stress test serwera %-)
Miałem zamiar reaktywować FreeHALowe klienty, żeby załapać ile się da, ale niestety brakło zadań już podczas odpalania drugiego  :(
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 04 Luty 2009, 19:25
Znów testy i można podłapać nieco zadań.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: KrzychuP w 06 Marzec 2009, 21:51
Achtung! Achtung!
Złapałem jednostkę Hydrogena na aplikację GROMACS 2.10
Na stronie projektu nowa szata graficzna.
Czyżby comeback tego projektu?
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 24 Maj 2009, 12:48
Ladies an gentlemen ;) in Hydrogen@Home we have actually "Results ready to send"   369,694
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: emik w 24 Maj 2009, 13:19
ok - już zassysam
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 24 Maj 2009, 13:28
Dobrze jest mieć > 512MB ram. Zassałem na 2 kompach zapas na tydzień :)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: emik w 24 Maj 2009, 13:39
mam 3GB :) - ile ci się liczą próbki? bo u mnie na linuksie ok 1min
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 24 Maj 2009, 13:45
4 minuty na T9300 @ WinXp_x64
a na P4 2.8 @ Ubuntu Server podam wkrótce
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: RAD-Poland w 24 Maj 2009, 13:49
na tydzień szczęściarz  ;)


pod Linuksem 64bit próbka liczy się 28 sek (AMDX2_3800+ 2,0@2,4), a limit tylko 500wu/core starcza na niecałe 4h

krótkie próbki, częste zmiany aplikacji pośrednich oraz wczytywanie/rozpakowywanie sporego archiwum przed każdą próbką powoduje widoczne przerwy w wykorzystaniu CPU zalecam zwiększenie ncups w cc_config o +1 w stosunku do rzeczywistych rdzeni lub liczenie na równoległym kliencie
(jeśli wyżej opisane efekty występują tylko u mnie to znaczy że coś niedobrego dzieje się z moim HDD)

EDIT1: aż dziwne, że serwer wytrzymuje taki ruch
EDIT2: przeliczone już  ~1700wu czasami przycina się system, trochę to nieprzyjemne
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 24 Maj 2009, 14:04
Na P4 2.8GHz i Ubuntu Server 32 bit liczą się 39 sekund
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: sesef w 24 Maj 2009, 16:01
Z tego co widzę pod windowsem cały problem polega na rozpakowaniu i skopiowaniu pythona, a jakby go zainstalować globalnie i ustawić tak ten wrapper żeby sobie odpalał wsztko ale nie musiał kopiować pythona bo ma go już na kompie zainstalowanego. Pod linuxem liczy tak szybko z powodu że python pewnie jest już zainstalowany.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 24 Maj 2009, 16:12
już ssam :D
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 24 Maj 2009, 17:08
Python pod Windows to nie problem. Jakby był wrapper jeszcze... Bo nie mogę patrzeć jak komp klasy P4 robi coś w 40 sek, a C2D w 4 minuty :wth:
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 24 Maj 2009, 19:33
jak znajdziecie jakieś rozwiązanie to dawajcie znać :D
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: sesef w 25 Maj 2009, 09:43
Jak na razie udało mi się przerzucić pythona na dysk jeszcze tylko te toolsy z których korzysta, nie przyspiesza to jakoś wielce, ale przynajmniej nie jeździ tak po dysku i nie kopiuje stale tych samych plików.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 25 Maj 2009, 11:10
U mnie na linuksie bardzo dziwna akcja. Kilkaset zadań wisi sobie ze statusem 'Pobieranie' a tymczasem w zakładce transfery pusto, ostatnie info w logu jest na temat zakończenia pobierania tego największego pliku - MGLtoolscośtam 30+MB.

EDIT: Poprawka, manager tak pokazywał, a w rzeczywistości po prostu stracił komunikację z core clientem, który wesoło trashował zadanka wywalając je jedno po drugim - Cannot rename output file.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 25 Maj 2009, 15:58
Cytat: sesef w 25 Maj 2009, 09:43
Jak na razie udało mi się przerzucić pythona na dysk jeszcze tylko te toolsy z których korzysta, nie przyspiesza to jakoś wielce, ale przynajmniej nie jeździ tak po dysku i nie kopiuje stale tych samych plików.

Co i jak? Każde przyspieszenie jest warte zachodu ;).
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 25 Maj 2009, 16:20
Cytat: sesef w 25 Maj 2009, 09:43
Jak na razie udało mi się przerzucić pythona na dysk jeszcze tylko te toolsy z których korzysta, nie przyspiesza to jakoś wielce, ale przynajmniej nie jeździ tak po dysku i nie kopiuje stale tych samych plików.


Lepiej wmelduj się ze zmianami do odpowiedniego tematu na forum http://www.boincatpoland.org/smf/zespol-boincpoland/optymalizacje-modyfikacje-i-inne-'-acje'/ , zanim zostaniesz gdzieś nazwany cheaterem  :ph34r: %)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: sesef w 25 Maj 2009, 16:30
Cytat: TJM w 25 Maj 2009, 16:20
Cytat: sesef w 25 Maj 2009, 09:43
Jak na razie udało mi się przerzucić pythona na dysk jeszcze tylko te toolsy z których korzysta, nie przyspiesza to jakoś wielce, ale przynajmniej nie jeździ tak po dysku i nie kopiuje stale tych samych plików.


Lepiej wmelduj się ze zmianami do odpowiedniego tematu na forum http://www.boincatpoland.org/smf/zespol-boincpoland/optymalizacje-modyfikacje-i-inne-'-acje'/ , zanim zostaniesz gdzieś nazwany cheaterem  :ph34r: %)

Już poinformowałem wodza :)

TJM mam do Ciebie takie pytanie bo masz doświadczenie z wrapperami, który plik w tym projekcie to jest wrapper czy może nowoczesne klienty sobie już same interpelują job.xml bez zewnętrznego programu. Chce sobie dodać do loga czas wywołania każdego kroku, a pewnie to jest standardowy wrapper więc dodanie 1 linijki kodu + rekompilacja i zrobione.

======================================
Co do optymalizacji to tak:

1. Wypakować to do C:/
http://www.adrive.com/public/22707265ff14dd1148bcc83a49e683051011a458918c4fff8f19b07bad4776fd.html
2. Wypakować to do hydrogenathome.org (napisać te pliki)
http://www.adrive.com/public/036d4988d4e370dce6c3e5753ed3843954f4e666e81738ee06fafa51566b504c.html
3. Jak ktoś ma 64 bit system to może jeszcze ten plik zastąpić w katalogu hydrogenathome.org
http://www.adrive.com/public/da8801efa9e66cad78b9959d80fd13682226fe0a047ca71e317755a1b4354206.html
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 25 Maj 2009, 16:42
Klient nie da rady sam sobie zinterpretować job.xml, bo wtedy i tak braknie BOINC API od strony aplikacji, które jest właśnie we wrapperze i nic nie zadziała.
A wrapper u mnie nazywa się po prostu wrapper_9.72....
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 25 Maj 2009, 17:26
Zaraz testnę :D
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 25 Maj 2009, 17:38
mam 3 pliki

tools.zip
python.zip
7za_1.025_windows_intelx86.exe
teraz pytanie czy python.zip ma być na c czy w katalogu głównym dysku na którym leży BOINC i system (u mnie akurat D)
rozpakowywać to czy tylko wrzucić plik na dysk?
jak rozpakować to do jakiego katalogu??
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: sesef w 25 Maj 2009, 17:46
python.zip trzeba wypakować do C:\ (tak ścieżki w plikach poustawiałem) jak wypakujesz to na C:\ powinny pojawić się 2 katalogi MGLToolsPckgs i Python25. Tools.zip wrzucasz do katalogu gdzie masz aplikacje licząca u mnie to C:\ProgramData\BOINC\projects\hydrogenathome.org w Win 7 na XP będzie to Documents and Settings/All Users/Boinc/projects/hydrogenathome.org na koniec plik 7za_1.025_windows_intelx86.exe również wrzucasz w to samo miejsce co tools.zip ale tylko w wypadku systemu x64
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 25 Maj 2009, 19:06
25.05.09 19:07:50 Hydrogen@Home [error] Can't rename output file 2hra_1243127025203215000_2_0 to projects/hydrogenathome.org/2hra_1243127025203215000_2_0: Error 2
25.05.09 19:07:57 Hydrogen@Home [error] Can't rename output file 2hrb_1243127025505730000_0_0 to projects/hydrogenathome.org/2hrb_1243127025505730000_0_0: Error 2


:wth:

Pliki nie są ReadOnly

Ścieżki u mnie:
Python na C:\ 2 foldery jak wyżej napisałeś.
Do BOINC - d:\program files\boinc\data\projects\hydrogenathome.org
W DocumentsAndSettings też wrzuciłem wAllUsers\Boinc\Projects\Hydrogenathome.org

Zarówno pliki rozpakowane jak i archiwa tam są... WINXP x64
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: sesef w 25 Maj 2009, 19:53
trochę pozmieniałem  nie chce mi się kombinować dlaczego to nie działa zrób coś takiego

1. Pliki z tego archiwum wrzuć do hydrogenathome.org
http://www.adrive.com/public/9318cab1855eef8e6bec7cbedfa61ebbdf580545fb17b1d86ec89dfc621f4add.html

2. Wypakować na C:/ tak żeby powstał katalog C:/Python25
http://www.adrive.com/public/6925716f3930cf35bce03c40686cab39c2d22b3e7663ba25f02612d5c78b1173.html
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Timaxi w 27 Maj 2009, 09:25
Jak jest u was z odsyłaniem próbek  bo ja od prawie 2 dni nie mogę odesłać żadnej próbki ?  :( serwer chyba leży ale strona czasami działa

Edit: Już wszytko działa jak należy  ;)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: KrzychuP w 27 Maj 2009, 10:40
U mnie wczoraj normalnie odsyłał. Dziś nie wiem, bo jestem Ralph'em zawalony i nic Hydrogena nie policzył.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 27 Maj 2009, 21:51
Zainstalowałem sobie WMVare Workstation + Ubuntu Server + BOINC i śmigam ;) zamiast 4 minut mam 25 sekund na lapku z X P x64...
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 27 Maj 2009, 22:13
Są jakieś szanse, żeby to obejść ?

<core_client_version>5.10.28</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
process exited with code 1 (0x1, -255)
</message>
<stderr_txt>
autodock_mgl_1.106_i686-pc-linux-gnu: /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6: version `GLIBC_2.4' not found (required by autodock_mgl_1.106_i686-pc-linux-gnu)

</stderr_txt>
]]>
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Mchl w 05 Czerwiec 2009, 10:09
Pytanie ze strony projketu

Cytat

I've been trying to put out schedular issues left and right. So you built a better app awesome. Could I see it somehow. Maybe we can integrate it!


BTW initially I was using the pyinstaller to build standalone binaries for each of the MGLTools scripts. This was problematic because I could not figure out how to get the scripts to share all the dependencies. Is this what your friend did?
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 05 Czerwiec 2009, 13:09
:D w ramach podzienkowań :D UOTD dla naszych członków przez miesiąc niech dadzą :D j każdemu 1000 kredytów w bonusie :D
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Szopler w 20 Wrzesień 2009, 12:48
Hydrogen rozsyła próbki wśród których są próbeczki na CUDA, ale u mnie wywalają się od razu!
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: buninek w 20 Wrzesień 2009, 14:56
Dołączyłem do projektu. Pobrałem coś z 400 WU. Kilka się przeliczyło.
Nagle z nie wiadomego mi powodu wszystkie zadania poszły się... >:(
W tym już te poprawnie przeliczone.

nie, 20 wrz 2009, 14:28:22 Hydrogen@Home Computation for task P10_TYR52_LEU33_GLN56_39934_ChemDiv_K691-0217_1253434354097653000_1 finished
nie, 20 wrz 2009, 14:28:22 Hydrogen@Home Starting P10_TYR52_LEU33_GLN56_38557_ChemDiv_D011-1842_1253434411864765000_2
nie, 20 wrz 2009, 14:28:22 Hydrogen@Home Starting task P10_TYR52_LEU33_GLN56_38557_ChemDiv_D011-1842_1253434411864765000_2 using autodock_MGL version 504
nie, 20 wrz 2009, 14:28:25 Hydrogen@Home Started upload of P10_TYR52_LEU33_GLN56_39934_ChemDiv_K691-0217_1253434354097653000_1_0
nie, 20 wrz 2009, 14:28:38 Hydrogen@Home Finished upload of P10_TYR52_LEU33_GLN56_39934_ChemDiv_K691-0217_1253434354097653000_1_0
nie, 20 wrz 2009, 14:28:50 Hydrogen@Home Sending scheduler request: Requested by user.  Requesting 0 seconds of work, reporting 2 completed tasks
nie, 20 wrz 2009, 14:29:00 Hydrogen@Home Scheduler request completed: got 0 new tasks
nie, 20 wrz 2009, 14:29:00 Hydrogen@Home Message from server: Result P10_TYR52_LEU33_GLN56_38557_ChemDiv_D011-1842_1253434411864765000_2 is no longer usable
nie, 20 wrz 2009, 14:29:00 Hydrogen@Home Message from server: Result P10_TYR52_LEU33_GLN56_38518_ChemDiv_D047-0065_1253434364910836000_2 is no longer usable
nie, 20 wrz 2009, 14:29:00 Hydrogen@Home Message from server: Result P10_TYR52_LEU33_GLN56_39990_ChemDiv_K788-0706_1253434455005024000_1 is no longer usable
...
...
...
nie, 20 wrz 2009, 14:29:02 Hydrogen@Home Message from server: Result P10_TYR52_LEU33_GLN56_39914_ChemDiv_K786-6108_1253436461596537000_0 is no longer usable
nie, 20 wrz 2009, 14:29:09 Hydrogen@Home [error] Can't rename output file P10_TYR52_LEU33_GLN56_38557_ChemDiv_D011-1842_1253434411864765000_2_0 to projects/hydrogenathome.org/P10_TYR52_LEU33_GLN56_38557_ChemDiv_D011-1842_1253434411864765000_2_0: Error -1
nie, 20 wrz 2009, 14:29:09 Hydrogen@Home Computation for task P10_TYR52_LEU33_GLN56_38557_ChemDiv_D011-1842_1253434411864765000_2 finished
nie, 20 wrz 2009, 14:29:09 PrimeGrid Starting ap26_4441087_4441090_64_0
nie, 20 wrz 2009, 14:29:09 PrimeGrid Starting task ap26_4441087_4441090_64_0 using ap26 version 104
nie, 20 wrz 2009, 14:29:29 Hydrogen@Home Sending scheduler request: Requested by user.  Requesting 0 seconds of work, reporting 401 completed tasks
nie, 20 wrz 2009, 14:29:39 Hydrogen@Home Scheduler request completed: got 0 new tasks
nie, 20 wrz 2009, 14:30:43 PrimeGrid Computation for task ap26_4441082_4441086_64_0 finished
nie, 20 wrz 2009, 14:30:43 PrimeGrid Starting ap26_4441091_4441094_64_0
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Tomasz R. Gwiazda w 20 Wrzesień 2009, 15:00
wszyskie probki sa walnietne :) Blad po stronie servera. Nie wiadomo kiedy naprawia
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: X X X w 20 Wrzesień 2009, 16:06
Najpierw wrzucił mi milion próbek, a później zrobił... redundant error, obojętnie co by to miało znaczyć.

Podobny komunikat miewam w yoyo - wu cancelled by server, redundant result - coś to w praktyce oznacza?
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Tomasz R. Gwiazda w 20 Wrzesień 2009, 16:11
a propos pytania czy skasowac probki zaciagnietne i sypiace errorami:

yes cancel all. It was a bad batch. I'm working on a code revission for autodock. Regarding cuda, there is a problem where it generates a popup window at termination. Both apps need more debugging.


Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: X X X w 20 Wrzesień 2009, 17:28
Wciąż projekt nie jest stabilny. Część próbek wpada w NES, najczęściej na 91,666%.

No i lekkie cheaterstwo dostrzegam. WU liczone jest >2 min. a na końcu czas jest ustawiany na... około 1:30. Zatem w praktyce punktacja jest niższa niż się wydaje z obliczeń.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Tomasz R. Gwiazda w 20 Wrzesień 2009, 17:33
jak gdzies admin sam okreslil ze projekt jest caly czas we wczesnej fazie wiec jak ktos sie frustruje ze nie dziala to zaleca kozystanie ze stabilnych projektow

projektow jest wiele, jest z czego wybierac :)
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: X X X w 20 Wrzesień 2009, 19:26
Pewnie, ale ja lubię wspierać "dziwne" projekty. Nawet jak nie ma z tego punktów, jak np. w Anansi. Rzecz w tym, aby znać blaski i cienie różnych projektów. Wtedy wiemy na co się decydujemy.

PS: Pojawiła się nowsza wersja, ale niewiele lepsza.
Wkurzające jest to, że projekt ignoruje "nie pobieraj" i "wstrzymaj", i ściąga wu jak gdyby nigdy nic (6.10.6).
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: TJM w 20 Wrzesień 2009, 19:40
To chyba raczej wina managera, na listach mailingowych jest wokół tego właśnie niezły szum.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: lolek w 20 Wrzesień 2009, 19:47
ja siedzę na 6.6.36 i nie mam takiego problemu, ale z projektu na razie zrezygnowałem, same error`y
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Sergeant w 20 Wrzesień 2009, 21:16
A może jest tak jak z Leiden. Jak pobiorę próbki i zacznę liczyć po ponownym włączeniu komputera, to wyrzuca mi błąd (chodzi o próbki krótsze, u mnie przewidywany czas liczenia wynosił ponad godzinę). Jak liczyłem od razu, to przeliczało normalnie. Próbki dłuższe (ponad czterogodzinne) liczyły się normalnie i po przerwaniu liczenia.

Sprawdzę to, bo zassałem trochę próbek. Kilka przeliczę i zobaczę jutro, czy zacznie mi liczyć pozostałe.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Niekumaty Burak w 22 Wrzesień 2009, 11:19
Dostałem próbki autodock w/ MGL Tools v1.27, liczą się bezproblemowo 17 minut - Claimed credit 2,05.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Tomasz R. Gwiazda w 22 Wrzesień 2009, 12:03
mam te same zadania i u mnie staja obliczenia na 91,666%
czas Upłynelo dalej leci
a do ukonczenia jest staly i sie nie zmienia
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: KrzychuP w 22 Wrzesień 2009, 13:23
U mnie to samo, co u Tomasza, na 91.666% stają, choć procka dalej używają  >:(
najdłuższa prawie do 2h dociągnęła   :fright:
wy____ć w kosmos???
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: KrzychuP w 23 Wrzesień 2009, 10:36
Dostajecie nowe WU?
Na serwerze niby nie ma, ale poganiacz chwycił mi już jedną.

Dalej się u Was wieszają zadania?
Zaraz skończę liczyć/killować zadania na wersji 1.27 aplikacji. Niestety dużo z nich musiałem ubić.
Zobaczymy czy na 1.28 się coś poprawi.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Sergeant w 23 Wrzesień 2009, 14:36
Ja zassałem 12 próbek autodock w/ MGL Tools v1.27. 10 przeliczonych i odesłanych, liczyły się średnio po kilkanaście minut (poza dwoma, jedna liczona 1:40h, a druga 5:30h). Dwie, co zostały, to nie wiem licyłem jedną już ponad 9 godzin, a drugą ponad 5 i zostaje 91,666% przeliczone i na tym koniec. Zrezygnują już z ich liczenia.

Punktów jeszcze jednak nie otrzymałem za przeliczone próbki.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Niekumaty Burak w 26 Czerwiec 2010, 15:28
Rzucili dwieście-kilkadziesiąt próbek, dostałem jedną.  Od kilku miesięcy próbki dają rzadko i mało, walidują się.
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: Troll81 w 26 Czerwiec 2010, 23:29
nie dostałem nic :(
Tytuł: Odp: Hydrogen@Home
Wiadomość wysłana przez: AL w 10 Lipiec 2010, 23:26
Ja w ostatnich dniach dostałem kilka. Uwaga mają ekstremalnie krótki dead line. Mi z tego powodu pomimo przeliczenia kilku wu - połowa z nich nie zapunktowała.