BOINC@Poland

Zaloguj się lub zarejestruj.

Zaloguj się podając nazwę użytkownika, hasło i długość sesji
Szukanie zaawansowane  

Aktualności:

Czy uczestniczysz w Projekcie miesiąca?

Strony: [1]   Do dołu

Autor Wątek: An Algorithm Set Revolutionizes 3-D Protein Structure Discovery  (Przeczytany 1580 razy)

0 użytkowników i 1 Gość przegląda ten wątek.

dziubas

  • Starszy Bywalec
  • Młodszy Liczydłowy
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 486
    • Zobacz profil

ciekawe czy to "załatwi" rozetkę i inne białkowe projekty, tak jak usprawnienie obliczeń lokalnych wykończyło boincową wersję simapa
http://www.technologyreview.com/view/536976/an-algorithm-set-revolutionizes-3-d-protein-structure-discovery/
Zapisane
* Death is the highest priority non-maskable interrupt *

Troll81

  • Troll forumowy
  • Newsmani
  • Starszy Kalkulator
  • *****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 32 521
  • Owoc żywota twojego je ZUS
    • Zobacz profil
An Algorithm Set Revolutionizes 3-D Protein Structure Discovery
« Odpowiedź #1 dnia: 24 Kwiecień 2015, 08:52 »

Rozetka raczej robi coś innego. Opierając się na znanym wzorze chemicznym buduję białko zgodnie z zasadą minimalnej energii wiązań. Nie dysponuje więc "zdjęciami" molekuł by tworzyć modele ich struktur.
Zapisane

stiven

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Wiadomości: 1 630
    • Zobacz profil
An Algorithm Set Revolutionizes 3-D Protein Structure Discovery
« Odpowiedź #2 dnia: 24 Kwiecień 2015, 09:14 »

Trollu trochę zamieszałeś i obawiam się, że muszę wyprostować. Duża część roboty rozetki to przewidywanie struktury białek. W tym przypadku sekwencja jest znana i nie trzeba niczego budować. Liczone są energie poszczególnych konfiguracji aby odnaleźć taką, która z energetycznego puntu widzenia jest najrozsądniejsza. Dla białek, które da się wykrystalizować i obadać technikami dyfrakcyjnymi nie ma to większego sensu. Teraz okazuje się, że opracowano algorytm umożliwiający przewidywanie struktury na podstawie obrazu 2D czyli foteczki z kriomikroskopu. Szybciej 100 000 razy. Pytanie dziubasa więc jest jak najbardziej uzasadnione bo na sporą część roboty szkoda prądu zwyczajnie.

Zapisane

Troll81

  • Troll forumowy
  • Newsmani
  • Starszy Kalkulator
  • *****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 32 521
  • Owoc żywota twojego je ZUS
    • Zobacz profil
An Algorithm Set Revolutionizes 3-D Protein Structure Discovery
« Odpowiedź #3 dnia: 24 Kwiecień 2015, 11:34 »

Rozetka buduje tez proteiny nieznane :D na podstawie założonego składu.
Zapisane

stiven

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Wiadomości: 1 630
    • Zobacz profil
An Algorithm Set Revolutionizes 3-D Protein Structure Discovery
« Odpowiedź #4 dnia: 24 Kwiecień 2015, 20:02 »

Z tym budowaniem to się nie do końca zgadzam  :P
Skład to za mało. Musi być znana sekwencja bo inaczej nie ma to sensu. Łańcuch nie jest zrywany, aminokwasy zostają na swoim miejscu w szeregu. Ta kolejność jest ustalona na starcie i nie zmienia się.
Poszukiwana jest trzeciorzędowa struktura czyli sposób w jaki łańcuch jest poskręcany i powyginany. Dla aktywności białek jest to kluczowe. Zgięcia łańcucha -> policzenie energii -> zapisanie wyniku i to w pętli aż do osiągnięcia zadanego czasu obliczeń. Chyba, że budowaniem nie jest dla Ciebie "łączenie ogniw łańcucha" tylko "układanie go na choince".
Znakomita część Rozetkowych obliczeń dotyczy białek dobrze poznanych i w ich trakcie porównywane jest to co wychodzi z obliczeń ze znaną strukturą (NATIVE). Naturalnie są też zadania dotyczące tych mniej znanych a także obejmujące wiązanie się innych cząsteczek do białek.
Zapisane

Ósemka

  • Bywalec forum
  • *****
  • Offline Offline
  • Wiadomości: 173
    • Zobacz profil
An Algorithm Set Revolutionizes 3-D Protein Structure Discovery
« Odpowiedź #5 dnia: 26 Kwiecień 2015, 15:36 »

Artykuł dotyczy przede wszystkim nowej metody doświadczalnej. Tymczasem komputerowe metody symulacyjne miały być pierwszym filtrem, który odsiewał, nazwijmy to, nic nie wnoszące struktury białek od tych, które miały jakiś potencjał dla nauki i nowych rozwiązań w medycynie, biologi itd. Do badań doświadczalnych trafiały tylko te drugie.

Jeśli nawet projekty białkowe będą teraz kompletnie nieopłacalne, to nasuwa się drugie pytanie - Ile fotek i w jakim czasie jest w stanie naklepać jeden kriomikroskop? Szacowany czas na wygenerowanie modelu 3D proteiny to 24h na porządnym komputerze (przynajmniej tak rozumiem słowo workstation). Jeśli mikroskop potrzebuje powiedzmy godzinę na fotografowanie jednego białka to być może mamy szansę na nowy projekt, który będzie obrabiał fotografie z takich mikroskopów.
Zapisane
Folding@Home - Team Poland [276]



https://prism-break.org/
Strony: [1]   Do góry
 

SMF spam blocked by CleanTalk