BOINC@Poland

Zaloguj się lub zarejestruj.

Zaloguj się podając nazwę użytkownika, hasło i długość sesji
Strony: 1 2 [3] 4 5 6 7   Do dołu

Autor Wątek: DrugDiscovery@Home  (Przeczytany 63063 razy)

0 użytkowników i 1 Gość przegląda ten wątek.

sknd

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 2 433
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #80 dnia: 09 Grudzień 2016, 17:19 »

jechać ci ją (testować w sensie)?
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #81 dnia: 09 Grudzień 2016, 17:28 »

jechać ci ją (testować w sensie)?
Tak, poproszę. Tylko z 5, góra 10 minut wystarczy (jak pójdzie).
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Troll81

  • Troll forumowy
  • Newsmani
  • Starszy Kalkulator
  • *****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 32 521
  • Owoc żywota twojego je ZUS
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #82 dnia: 09 Grudzień 2016, 19:59 »

A open CL działa na 4770??
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #83 dnia: 09 Grudzień 2016, 20:12 »

A open CL działa na 4770??
A Ty mi powiedz... wymagana wersja to 1.1...

Niestety, z kart AMD do dyspozycji mam tylko 7770 i RX 480 (ta ostatnia tylko do końca weekendu).
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Troll81

  • Troll forumowy
  • Newsmani
  • Starszy Kalkulator
  • *****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 32 521
  • Owoc żywota twojego je ZUS
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #84 dnia: 09 Grudzień 2016, 22:02 »

niemożna uruchomić programu ponieważ na komputerze nie znaleziono vcomp140.dll

po zainstalowaniu - https://www.microsoft.com/en-ca/download/details.aspx?id=48145
problem nadal istnieje

po zainstalowaniu 32bit wersji

program nagle przestał działać, trwa wyszukiwanie rozwiązania....
Zapisane

mimeq

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 1 791
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #85 dnia: 10 Grudzień 2016, 01:55 »

Open CL mam tak

[smg id=10615 type=preview align=center caption="DD@H2"]
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #86 dnia: 10 Grudzień 2016, 13:49 »

Open CL mam tak
Możesz w pliku startowym zmienić drugą linijkę na:
./gmx mdrun -nt 1 -gpu_id 0 -deffnm md_0_1
Bo wygląda na to, że apka chce wystartować na obu kartach, a kompilowana jest dla kart AMD... (nie ma kerneli dla OpenCL nVidia).
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

sknd

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 2 433
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #87 dnia: 10 Grudzień 2016, 14:30 »

na linuxie mam tak:

[ja@komp gmx-linux-cuda]$ sh start.sh
start.sh: linia 2: ./gmx: Nie ma takiego pliku ani katalogu
start.sh: linia 3: ./gmx: Nie ma takiego pliku ani katalogu

cuda zainstalowane, te PATH co pisałeś powyżej wyexportowane...

co robić?
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #88 dnia: 10 Grudzień 2016, 14:52 »

#!/bin/bash
./gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
./gmx mdrun -nt 1 -gpu_id 0 -deffnm md_0_1
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Troll81

  • Troll forumowy
  • Newsmani
  • Starszy Kalkulator
  • *****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 32 521
  • Owoc żywota twojego je ZUS
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #89 dnia: 10 Grudzień 2016, 15:45 »

Pliki pomagające opisać problem:
  C:\Users\Troll\AppData\Local\Temp\WER8D74.tmp.WERInternalMetadata.xml
  C:\Users\Troll\AppData\Local\Temp\WERAA09.tmp.appcompat.txt
  C:\Users\Troll\AppData\Local\Temp\WERAA39.tmp.mdmp
Zapisane

sknd

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 2 433
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #90 dnia: 10 Grudzień 2016, 16:27 »

czmy muszę mieć zainstalowane GROMACS?
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #91 dnia: 10 Grudzień 2016, 18:09 »

czmy muszę mieć zainstalowane GROMACS?
no właśnie cała walka odbywa się po to, żeby aplikacja była standalone, bez potrzeby instalacji gromacs'a.
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Troll81

  • Troll forumowy
  • Newsmani
  • Starszy Kalkulator
  • *****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 32 521
  • Owoc żywota twojego je ZUS
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #92 dnia: 10 Grudzień 2016, 23:01 »

A czy wiesz co u mnie się kopie??
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #93 dnia: 10 Grudzień 2016, 23:04 »

A czy wiesz co u mnie się kopie??
Nie bardzo... Mam podobny kłopot z OpenCL, ale byłem dotąd przekonany, że to przez dwie różne karty zainstalowane w systemie (GTX1060 + ATI7770)...

Generalnie, działanie wersji OpenCL jest mocno problematyczne (przynajmniej na Windows).
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

sknd

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 2 433
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #94 dnia: 11 Grudzień 2016, 10:15 »

czmy muszę mieć zainstalowane GROMACS?
no właśnie cała walka odbywa się po to, żeby aplikacja była standalone, bez potrzeby instalacji gromacs'a.

no u mnie nadal:
start.sh: linia 2: grompp: nie znaleziono polecenia
start.sh: linia 3: mdrun: nie znaleziono polecenia

a wiem że te dwa polecenia są w składzie gromacs...
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #95 dnia: 11 Grudzień 2016, 10:53 »

Dziwne, bo poleceniem jest gmx, reszta to jego parametry. A samo odpalenie "./gmx" co wywala na konsolę?
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

sknd

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 2 433
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #96 dnia: 11 Grudzień 2016, 16:27 »

no daje "bash: ./gmx: Nie ma takiego pliku ani katalogu"

ale może ja nie mam całości potrzebnych plików,, bo po prostu mam w katalogu to co stąd ściągnięte https://www.dropbox.com/s/v13w0x3z503d6j1/gmx-linux-cuda.zip i nic poza tym, może powinienme zacząć od przeczytania calego tego wątku ;)

EDIT: chyba nie trzeba było nic innego ściągać. no w każdym razie nie hula

EDIT2: doinstalowałem gromacs-5.1-complete, zrobiłem PATH do plik gmx i wyszło tak:

[ja@komp gmx]$ sh start.sh
                  :-) GROMACS - gmx grompp, VERSION 5.1.4 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov  Herman J.C. Berendsen    Par Bjelkmar   
 Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra   Sebastian Fritsch
  Gerrit Groenhof   Christoph Junghans   Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen
 Dimitrios Karkoulis    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner 
    Per Larsson      Justin A. Lemkul   Magnus Lundborg   Pieter Meulenhoff
   Erik Marklund      Teemu Murtola       Szilard Pall       Sander Pronk   
   Roland Schulz     Alexey Shvetsov     Michael Shirts     Alfons Sijbers 
   Peter Tieleman    Teemu Virolainen  Christian Wennberg    Maarten Wolf   
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2015, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx grompp, VERSION 5.1.4
Executable:   /usr/local/gromacs/gromacs-5.1.4//bin//gmx
Data prefix:  /usr/local/gromacs/gromacs-5.1.4/
Command line:
  gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'title'

Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#
Setting the LD random seed to 964890485
Generated 330891 of the 330891 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 330891 of the 330891 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein'
turning all bonds into constraints...
Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'
turning all bonds into constraints...
Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'CL'
turning all bonds into constraints...
Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet
Analysing residue names:
There are:   209    Protein residues
There are: 12601      Water residues
There are:     4        Ion residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group Protein is 6565.76
Number of degrees of freedom in T-Coupling group non-Protein is 75615.24
Determining Verlet buffer for a tolerance of 0.005 kJ/mol/ps at 300 K
Calculated rlist for 1x1 atom pair-list as 1.035 nm, buffer size 0.035 nm
Set rlist, assuming 4x4 atom pair-list, to 1.000 nm, buffer size 0.000 nm
Note that mdrun will redetermine rlist based on the actual pair-list setup
Reading Coordinates, Velocities and Box size from old trajectory
Will read whole trajectory
Last frame         -1 time  100.000   
Using frame at t = 100 ps
Starting time for run is 0 ps
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 48x48x48, spacing 0.154 0.154 0.154
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.20
This run will generate roughly 1145 Mb of data

Back Off! I just backed up md_0_1.tpr to ./#md_0_1.tpr.1#

gcq#570: "This work contains many things which are new and interesting. Unfortunately, everything that is new is not interesting, and everything which is interesting, is not new." (Lev Landau)

                   :-) GROMACS - gmx mdrun, VERSION 5.1.4 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov  Herman J.C. Berendsen    Par Bjelkmar   
 Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra   Sebastian Fritsch
  Gerrit Groenhof   Christoph Junghans   Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen
 Dimitrios Karkoulis    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner 
    Per Larsson      Justin A. Lemkul   Magnus Lundborg   Pieter Meulenhoff
   Erik Marklund      Teemu Murtola       Szilard Pall       Sander Pronk   
   Roland Schulz     Alexey Shvetsov     Michael Shirts     Alfons Sijbers 
   Peter Tieleman    Teemu Virolainen  Christian Wennberg    Maarten Wolf   
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2015, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx mdrun, VERSION 5.1.4
Executable:   /usr/local/gromacs/gromacs-5.1.4//bin//gmx
Data prefix:  /usr/local/gromacs/gromacs-5.1.4/
Command line:
  gmx mdrun -nt 1 -gpu_id 0 -deffnm md_0_1


Back Off! I just backed up md_0_1.log to ./#md_0_1.log.1#

Running on 1 node with total 4 cores, 8 logical cores, 1 compatible GPU
Hardware detected:
  CPU info:
    Vendor: GenuineIntel
    Brand:  Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1230 V2 @ 3.30GHz
    SIMD instructions most likely to fit this hardware: AVX_256
    SIMD instructions selected at GROMACS compile time: AVX_256
  GPU info:
    Number of GPUs detected: 1
    #0: NVIDIA GeForce GTX 650, compute cap.: 3.0, ECC:  no, stat: compatible

Reading file md_0_1.tpr, VERSION 5.1.4 (single precision)
Changing nstlist from 10 to 40, rlist from 1 to 1.097

Using 1 MPI thread
Using 1 OpenMP thread

1 GPU user-selected for this run.
Mapping of GPU ID to the 1 PP rank in this node: 0


Back Off! I just backed up md_0_1.trr to ./#md_0_1.trr.1#

Back Off! I just backed up md_0_1.xtc to ./#md_0_1.xtc.1#

Back Off! I just backed up md_0_1.edr to ./#md_0_1.edr.1#
starting mdrun 'Protein in water'
5000000 steps,  10000.0 ps.
^C

Received the INT signal, stopping at the next NS step


               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:      499.293      452.751      110.3
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:       11.634        2.063

gcq#176: "Have a Nice Day" (R. McDonald)
« Ostatnia zmiana: 11 Grudzień 2016, 16:57 wysłana przez sknd »
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #97 dnia: 11 Grudzień 2016, 17:33 »

No wlaśnie tu jest problem...
Chodziło mi o to, czy polecenie:
./gmx zadziała w katalogu ściągniętym ode mnie prawidłowo... Bez instalacji pakietu gromacs (aczkolwiek, jeżeli jest w repozytoriach to w zasadzie czemu nie? Oprócz zadymy z wersjami... 5.1.4 nie jest zgodna z 2016.1)...
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

sknd

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 2 433
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #98 dnia: 11 Grudzień 2016, 21:37 »

no tylko że nie ma prawa zadziałać, bo w tym co ściągałem, nie ma niczego o nazwie gmx...
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #99 dnia: 12 Grudzień 2016, 12:18 »

no tylko że nie ma prawa zadziałać, bo w tym co ściągałem, nie ma niczego o nazwie gmx...
Bo faktycznie go nie dodałem w ferworze walki... Już tam jest.
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

sknd

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 2 433
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #100 dnia: 12 Grudzień 2016, 17:27 »

ok, teraz też działa (oczywiście usunąłem gromacs i musiałem chown i chmod +x gmx )
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #101 dnia: 16 Styczeń 2017, 19:16 »

Na serwerze sporo zadań dla vina na Linuksa. Są to wewnętrzne badania, niekomercyjne.
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

sknd

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 2 433
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #102 dnia: 16 Styczeń 2017, 20:49 »

a jak się zapisać do tego projektu? (link z początku wątku nie działa)

EDIT: ok wyguglałem, w razie czego dla kogoś się może przyda: https://boinc.drugdiscoveryathome.com/
« Ostatnia zmiana: 16 Styczeń 2017, 20:59 wysłana przez sknd »
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #103 dnia: 24 Styczeń 2017, 20:38 »

28go startują krótkie zawody BS w projekcie :)

Właśnie podpalamy kotły pod serwerem, żeby miał dość pary na przyjęcie chętnych :)
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

necavi

  • Liczydłowy
  • ***
  • Offline Offline
  • Wiadomości: 1 099
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #104 dnia: 28 Styczeń 2017, 19:27 »

Cytuj
28go startują krótkie zawody BS w projekcie

O której?

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #105 dnia: 28 Styczeń 2017, 19:32 »

Już od prawie 16 godzin trwają:
https://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/863
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #106 dnia: 04 Luty 2017, 14:04 »

Jeżeli ktoś jest zainteresowany, aby posłuchać dzisiaj trochę o projekcie:
https://steemit.com/gridcoin/@erkan/meet-the-people-behind-drugdiscovery-home
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Argento

  • Młodszy Liczydłowy
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 531
  • Ten, kto wolny, nad swym losem nie płacze.
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #107 dnia: 09 Luty 2017, 16:04 »

W powiadomieniach BM czytam: We just have released Smina - a fork of Vina. Smina does same tasks as Vina, just about 10 times faster.. Zastanawia mnie ta różnica w szybkości obróbki WU. Na moich maszynie/nach średni czas dla Vina 0.18 to ok. 5 min a dla Smina już ok. 13 min. A tym samym te ...10 times faster chyba nie działa...  :wth: Zdarzają się też dosyć często WU dla Smina, których czas obróbki oscyluje w granicach nawet 1h, choć w takich przypadkach, jak zakładam przyczyną takich czasów jest złożoność danej WU.
Zapisane


--
Pozdrawiam
Z poważaniem
Argento

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #108 dnia: 09 Luty 2017, 16:19 »

A jednak.
Vina wcześniej chodziła na odmiennym zestawie danych wejściowych niż teraz.
Obecnie Smina chodzi na zestawie, który w ogóle nie puszczaliśmy do Viny, bo ta by chodziła dobrze ponad godzinę na nich, a to po prostu nie ma sensu, jeżeli smina zrobi to samo w 10 minut.
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Argento

  • Młodszy Liczydłowy
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 531
  • Ten, kto wolny, nad swym losem nie płacze.
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #109 dnia: 09 Luty 2017, 16:33 »

I wszystko jasne.  Obie aplikacje nadal będę pracowały równolegle czy ze względu na wyższą wydajność algorytmów Sminy Vina idzie na emeryturę?
Zapisane


--
Pozdrawiam
Z poważaniem
Argento

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #110 dnia: 09 Luty 2017, 21:49 »

I wszystko jasne.  Obie aplikacje nadal będę pracowały równolegle czy ze względu na wyższą wydajność algorytmów Sminy Vina idzie na emeryturę?
A tego to jeszcze nie wiem, to zależy od ludzi od "science".
Generalnie, z moich testów wynika, że w 99% przypadków Smina jest po prostu gruuuubo szybsza, ale od tej zasady są wyjątki - nie wszystkie funkcje zostały zoptymalizowane, więc może się trafić kombinacja warunków wejściowych, dla których różnica będzie zerowa. Dodatkowo, nadal nie udało mi się skompilować Sminy pod Windows (jeżeli ktoś jest chętny do pomocy w tym temacie, to zapraszam).
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

mimeq

  • Starszy Liczydłowy
  • ****
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 1 791
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #111 dnia: 09 Luty 2017, 23:02 »

a co z zapowiedziana opcja dla kolekcjonerow ? badge  :P
Zapisane

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #112 dnia: 09 Luty 2017, 23:09 »

a co z zapowiedziana opcja dla kolekcjonerow ? badge  :P
Czekam :)
Ale jest postęp - 3 ikonki już dostałem :)
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Argento

  • Młodszy Liczydłowy
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 531
  • Ten, kto wolny, nad swym losem nie płacze.
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #113 dnia: 11 Luty 2017, 12:58 »

Czy nieopracowane WU, które są zwracane na serwer z powodu przerwania przez użytkownika czy też przekroczenia deadline (itd.) i oczekujące na ponowne  wysyłanie do obrobienia są ujmowane w statusie serwera jako "Tasks ready to send"?
Zapisane


--
Pozdrawiam
Z poważaniem
Argento

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #114 dnia: 11 Luty 2017, 13:15 »

Tak
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Argento

  • Młodszy Liczydłowy
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 531
  • Ten, kto wolny, nad swym losem nie płacze.
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #115 dnia: 11 Luty 2017, 13:26 »

Tak zakładałem. Jednak zaciekawiła mnie sytuacja, gdzie w statusach serwera było brak WU do wysłania, a ja w w momencie sprawdzania owych statusów dostałem kilka jednostek...
Zapisane


--
Pozdrawiam
Z poważaniem
Argento

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #116 dnia: 11 Luty 2017, 16:43 »

Status serwera jest trzymany 10 minut w cache strony, dlatego takie WU mogą się pojawić i zniknąć niezauważone.
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka

Argento

  • Młodszy Liczydłowy
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 531
  • Ten, kto wolny, nad swym losem nie płacze.
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #117 dnia: 11 Luty 2017, 18:55 »

Krótko i merytorycznie. Dziękuję.
Zapisane


--
Pozdrawiam
Z poważaniem
Argento

Argento

  • Młodszy Liczydłowy
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 531
  • Ten, kto wolny, nad swym losem nie płacze.
    • Zobacz profil
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #118 dnia: 13 Luty 2017, 18:36 »

Sypnęło WU  :p_arr:.
Przeglądałem dziennik zdarzeń BM. Natknąłem się na wers, który mnie zaciekawił Tasks won't finish in time: BOINC runs 99.3% of the time; computation is enabled 100.0% of that.. Skąd taki komunikat? Szukam jakiegoś powiązania za stanem faktycznym obróbki WU. Co ciekawe, ten komunikat pojawia się wyłącznie po wysłaniu wyniku obliczeń na danej WU. Natomiast przy wyłączonym odsyłaniu wyniku widoczny jest jedynie komunikat Computation for task smina-mol2...in_0 is finished.
Zapisane


--
Pozdrawiam
Z poważaniem
Argento

krzyszp

  • Wszechstronny dyletant
  • Moderator
  • Kalkulator
  • *
  • Offline Offline
  • Płeć: Mężczyzna
  • Wiadomości: 7 986
    • Zobacz profil
    • Roads Business Software Ltd
DrugDiscovery@Home
« Odpowiedź #119 dnia: 13 Luty 2017, 19:05 »

To dlatego, że jednym z parametrów przydzielanych próbce jest przewidywana ilość obliczeń (we FLOPS'ach), jednak aktualnie liczone WU mają bardzo duży "rozstrzał" czasu wykonywania (np. pomiędzy 4 a 60 minut), przez co manager trochę świruje.
Zapisane


Należę do drużyny BOINC@Poland
 Moja wizytówka
Strony: 1 2 [3] 4 5 6 7   Do góry
 

SMF spam blocked by CleanTalk