Troll - z tym skróceniem próbek to niekoniecznie może się udać. Dynamika molekularna jest metodą deterministyczną - kolejny krok liczony jest na podstawie potencjału kroku poprzedniego oraz prędkości. W symulacjach białek rzeczy istotne to tak 50ns - nawet mikrosekund (choć 1mikrosekundowa symulacja to było niedawne wielkie wydarzenie na Antonie i publikacja w Science).
dla porownania - na gtx 580, 30000 atomow w acemd pozwala uzyskac 100ns trajektorie w ciagu okolo doby (30000 to sporo, choc tak naprawde nie sporo bo wiekszosc to woda, zeby nasladowac srodowisko komorki).
A wiec ciezko by bylo tak zaaranzowac symulacje, zeby mozna bylo je podzielic na mniejsze czesci, mozna co prawda zrobic, ze u Ciebie liczy sie 10ns, pozniej wysyla do kogos innego, tam liczy kolejne 10ns, ale wtedy ten drugi musialby czekac na ciebie (a gdyby poprzednikowi padlo to ty bys musial od nowa liczyc jego partie).
nie iwem jak to jest rozwiazane, ale to raczej nie jest tak jak z seti, ze sciaga ci kawalek danych do obrobki i odsyla.