Przez krótką chwilę się tym w życiu zajmowałem więc poczułem się wywołany do odpowiedzi.
Zasadniczo mechanika molekularna. Atomy traktowane są jak kulki a wiązania jak sprężyny. Najczęściej tego typu obliczenia sprowadzają się do szukania minimum energetycznego co może powiedzieć wiele na temat tego czy dana cząsteczka ma szansę się związać z inną. Już sama metoda dochodzenia do minimum (i implemantacja tej metody) jest ciekawa. Np czy wyginać cząsteczkę szukając gradientu idącego w odpowiednim kierunku i opytmalizować czy może lepiej losować monte carlo konfigurację i liczyć energię.
Algorytm sprowadza się do przemieszczania atomów i liczenia sił. Aby było łatwiej to już sobie ludzie powymyślali pola siłowe aby pewne sprawy uprościć albo sparametryzować. http://en.wikipedia.org/wiki/Force_field_(chemistry) Program można pisać samemu albo wykorzystać gotowe darmowe lub komercyjne rozwiązania. W Dockingu jest to CHARMM.
Akurat w jego przypadku sytuacja jest wyśmienita bo mają forum gdzie dosłownie wszystko jest opisane. http://www.charmm.org/ubbthreads/ Ostrzegam, że poziom dyskusji może przekroczyć percepcję zwykłego śmiertelnika. Jak będzie za ciężko to możesz zacząć od anglikańskiej wiki: http://en.wikipedia.org/wiki/CHARMM http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics
Na chwilę obecną nie jestem w stanie powiedzieć czy w Dockingu dokładają do tej mechaniki molekularnej trochę mechaniki kwantowej (Hybrid QM/MM) lub czy liczą też dynamikę molekularną.
Jeśli temat bardzo Cię interesuje to na upartego nawet i po polsku coś się znajdzie: http://www.molnet.eu/ Z tego co pamiętam wymagana jest rejestracja.
Dziękuję za wyczerpującą odpowiedź
Czy temat mnie interesuje? Dziedzina którą interesowałem się
przez ostatnie lata nie przekłada się w sposób bezpośredni na
nic pożytecznego, więc czasami myślę aby zainteresować się
czymś nowym, może właśnie mechaniką molekularną.
Dzięki jeszcze raz i pozdrawiam.
