Warning: A skin using autodiscovery mechanism, boinc_poland, was found in your skins/ directory. The mechanism will be removed in MediaWiki 1.25 and the skin will no longer be recognized. See https://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Skin_autodiscovery for information how to fix this. [Called from Skin::getSkinNames in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/includes/Skin.php at line 74] in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/includes/debug/Debug.php on line 303

Warning: A skin using autodiscovery mechanism, fratman_enhanced, was found in your skins/ directory. The mechanism will be removed in MediaWiki 1.25 and the skin will no longer be recognized. See https://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Skin_autodiscovery for information how to fix this. [Called from Skin::getSkinNames in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/includes/Skin.php at line 74] in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/includes/debug/Debug.php on line 303

Strict Standards: Declaration of Skinboinc_poland::initPage() should be compatible with Skin::initPage(OutputPage $out) in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/skins/boinc_poland.php on line 5
Genome Comparison – Wiki B@P Wspieramy naukę

Genome Comparison

Z Wiki B@P

Zakończony podprojekt platformy World Community Grid.


Poprawa opisu funkcji białek w bazach danych

Z biegiem lat, naukowcy porównywali ze sobą sekwencje genów różnych organizmów, w celu ustalenia, czy istnieją podobieństwa między nimi. Podobne sekwencje genów mogą mieć także podobne funkcje. Tak więc, naukowiec badający sekwencję genów o nieznanej funkcji może otrzymać ważne wskazówki na temat roli jaką pełnią w organizmie, poprzez porównanie jej z podobną sekwencją genów o znanej funkcji w innym organizmie.

Genome comp 1.jpg

Wyzwaniem jest to, iż naukowcy odkrywając nowe informacje, wprowadzają je do jednej z wielu baz danych zawierających informację o sekwencjach genów. Z biegiem lat, dość duża ilość wtórnych informacji (strukturalne, funkcjonalne, podobieństwa do innych wpisów oraz szereg adnotacji) została dołączona do baz danych białek. Gdy taka informacja zostaje wpisana, rzadko zostaje skorygowana lub zaktualizowana. Tak więc, adnotacja o przewidywanej funkcji białka jest często niepełna, używa niestandardowej nomenklatury lub może być nieprawidłowa jeśli wnioskowano z poprzedniej nieprawidłowo opisanej sekwencji. Dodatkowo, wiele białek składa się z kilku strukturalnych i/lub funkcjonalnych domen (moduły obejmujące odrębne ewolucyjnie, funkcjonalnie i strukturalnie jednostki), które mogą zostać pominięte przez zautomatyzowane procedury adnotacji.

Cele

Głównym celem projektu Genome Comparison jest przygotowanie, po raz pierwszy, kompletnego parowania (porównania) wszystkich znanych sekwencji białek i uzyskanie wskaźników podobieństwa, które będą użyte wraz ze znormalizowanym Gene Ontology, jako odniesienie do repozytorium społeczności komentatorów oraz nieocenionym źródłem danych dla biologów. Program używany do porównywania sekwencji w Genome Comparison nazywa się SSEARCH (W.R. Pearson [1991] Genomics 11:635-650), swobodnie dostępna implementacja rygorystycznego algorytmu Smith-Waterman (T. F. Smith and M. S. Waterman [1981] J. Mol. Biol. 147:195-197), który znajduje matematycznie najlepsze lokalne zbieżności pomiędzy parami sekwencji. Naukowcy którzy odkryją nowe sekwencje białek mogą je dodać do tej bazy danych i dokonać porównania, udostępniając nowe informacje innym naukowcom.

W rezultacie będą możliwe precyzyjne adnotacje, korekty nieścisłości i przypisanie możliwych funkcji do hipotetycznych białek o nieznanej funkcji. Ponadto prawidłowo oznaczone zostaną białka z wieloma domenami funkcjonalnymi. Wykryte zostaną nawet odległe relacje. Pozwoli to poprawić jakość i interpretację danych biologicznych i zrozumienie systemów biologicznych, relacji nosiciel-patogen i środowiska naturalnego.

Przydatne linki

Strona główna projektu

Forum projektu