Warning: A skin using autodiscovery mechanism, boinc_poland, was found in your skins/ directory. The mechanism will be removed in MediaWiki 1.25 and the skin will no longer be recognized. See https://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Skin_autodiscovery for information how to fix this. [Called from Skin::getSkinNames in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/includes/Skin.php at line 74] in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/includes/debug/Debug.php on line 303

Warning: A skin using autodiscovery mechanism, fratman_enhanced, was found in your skins/ directory. The mechanism will be removed in MediaWiki 1.25 and the skin will no longer be recognized. See https://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Skin_autodiscovery for information how to fix this. [Called from Skin::getSkinNames in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/includes/Skin.php at line 74] in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/includes/debug/Debug.php on line 303

Strict Standards: Declaration of Skinboinc_poland::initPage() should be compatible with Skin::initPage(OutputPage $out) in /data/www/www.boincatpoland.org/htdocs/wiki/skins/boinc_poland.php on line 5
RNA World – Wiki B@P Wspieramy naukę

RNA World

Z Wiki B@P

RNA World jest projektem wykorzystującym platformę BOINC do rozwoju badań nad RNA.

RNA World opis projektu

RNA World używa komputerów podłączonych do internetu do wspierania badań nad RNA. System został poświęcony identyfikacji, analizie, przewidywaniu strukturalnemu i budowie cząsteczek RNA na bazie ugruntowanego oprogramowania bioinformatycznego z użyciem metod wysokiej wydajności i przepustowości.

Logo projektu RNA World

W przeciwieństwie do klasycznych podejść bioinformatycznych, RNA World nie opiera się na pojedynczych komputerach, serwerach czy superkomputerach. W zamian stanowi ciągle rozwijający się klaster rozsianych po całym świecie komputerów. Jako taki, RNA World jest bardzo heterogeniczny i w zależności od sub-projektu, aktualnie przeznaczony na komputery używające Linuxa, Windowsa i OSXa - twój komputer może stać się istotną częścią projektu. Fakt, że koszty prądu i sprzętu są dzielone pomiędzy ochotników podnosi prawdopodobieństwo wykonania interesujących analiz które ze względu na aspekty ekonomiczne nie mogły dotychczas być wykonane. W zamian, RNA World nie będzie pracować dla zysku, używa tylko otwartego oprogramowania i upubliczni wyniki swoich badań

W aktualnej formie, RNA World wykonuje w pełni zautomatyzowaną wersję programu analiz wysokiej przepustowości Infernal1, program pierwotnie opracowany w laboratorium Sean Eddys do systematycznej identyfikacji niekodujących RNA. Celem tego sub-projektu RNA World jest systematyczna identyfikacja wszystkich znanych członków rodziny RNA we wszystkich organizmach znanych nam dziś i publikacja wyników. Z Waszą pomocą, planujemy również wspieranie ustanowionych bioinformatycznych baz danych, takich jak Rfam2, naszymi rezultatami by pomóc zredukować ich przyszłe koszty utrzymania.

W przeciwieństwie do innych projektów przetwarzania rozproszonego, programiści RNA World opracowują aktualnie ogólne interfejsy użytkownika, które równolegle z nadchodzącymi projektami naszych własnych zespołów badawczych, pozwolą nie związanym z nami osobom, dołączać swoje własne projekty, w sposób podobny do interfejsu serwera web, oczywiście bezpłatnie.

Dlaczego RNA?

Każde białko w komórce jest produkowane z użyciem przejściowo syntetyzowanej cząsteczki zwanej mRNA. To mRNA jest później rozpoznawane przez mechanizmy komórki które tłumaczą podstawową sekwencję mRNA w odpowiadające jej białko (które jest sekwencją aminokwasów). Ten mechanizm tłumaczący, zwany robosomem, jest właściwie rybozymem,to znaczy, jest katalitycznie aktywnym zlepkiem kilku cząsteczek RNA. Wynika z tego że RNA nie tylko służą jako cząsteczki informacyjne lub wykonujące funkcje strukturalne jak np. tRNA, lecz mogą także zachowywać się jako katalizator wykonujący reakcje biochemiczne jak w przypadku enzymów białkowych. Oczywiście, rybosom zawiera również wiele białek, ponieważ jest bardzo skomplikowaną cząsteczką rybonukleoproteiny, lecz te, z reguły dostarczają funkcji strukturalnych, na przykład dają rybosomom ich kształt.

Co fascynujące, Wstępna analiza sekwencji ludzkiego genomu, pokazała że, najwyraźniej tylko mała część kodu DNA z naszego genomu koduje białka. Naukowcy z początku myśleli "o co chodzi z ty śmieciowym DNA?" lub "Czy nie można go po prostu skasować?". Dziś jasnym jest, że prawdopodobnie większość częstych zjawisk w ludzkich komórkach może być powodowana przez małe cząsteczki RNA, tak zwane miRNAs. Oprócz innych funkcji, odpowiadają one również za sprawianie, że komórka skóry staje się komórką skóry, podczas gdy komórka mięśnia, wątroby lub włosa różnicuje do komórki do komórki mięśnia, wątroby i włosa podczas rozwoju, i wszystko to dzieje się pomimo tego że materiał genetyczny (DNA) wszystkich tych różnych rodzajów komórek jest właściwie identyczny. Ponadto, wydaje się, że wielu typom raka towarzyszy albo nawet jest wynikiem rozregulowanego profilu miRNA w chorej komórce. Co więcej, odkryto że wirusy przenoszą miRNA bo zmodyfikować sieć regulującą atakowanej komórki prowadząc do choroby.

Dlatego, możemy jasno powiedzieć, że wspieranie badań RNA, na przykład poprzez wsparcie projektu rozproszonego superkomputera RNA World, będzie prowadziło do ważnych odkryć, które również mogą mieć znaczący wpływ na przyszłość opieki zdrowotnej.

Referencje

(1) Infernal 1.0: inference of RNA alignments. Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR. Bioinformatics. 2009 May 15;25(10):1335-7. Epub 2009 Mar 23. PMID: 19307242.

(2) Rfam: updates to the RNA families database. Gardner PP, Daub J, Tate JG, Nawrocki EP, Kolbe DL, Lindgreen S, Wilkinson AC, Finn RD, Griffiths-Jones S, Eddy SR, Bateman A. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D136-40. Epub 2008 Oct 25. PMID: 18953034.

(3) Petabyte-scale innovations at the European Nucleotide Archive. Cochrane G, Akhtar R, Bonfield J, Bower L, Demiralp F, Faruque N, Gibson R, Hoad G, Hubbard T, Hunter C, Jang M, Juhos S, Leinonen R, Leonard S, Lin Q, Lopez R, Lorenc D, McWilliam H, Mukherjee G, Plaister S, Radhakrishnan R, Robinson S, Sobhany S, Hoopen PT, Vaughan R, Zalunin V, Birney E. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D19-25. Epub 2008 Oct 31. PMID: 18978013.

Lokalizacja RNA World

RNA World jest osadzony w Rechenkraft.net e.V. jednostce badawczej w Niemczech.

Personel projektu RNA World

Lider projektu:

  • Dr. Michael H.W. Weber.

Administracja serwerami:

  • Uwe Beckert (Yoyo).

Rozwój oprogramowania:

  • Martin Bertheau (Linuxfan),
  • Volker Hatzenberger (Ananas),
  • Nico Mittenzwey.

Grafika i projekty:

  • Lasse J. Kolb,
  • Rebirther,
  • Dr. Michael H.W. Weber.

Laboratoria partnerów projektu

Niemcy: Prof. Dr. Roland K. Hartmann, Philipps-University of Marburg
Indie: Dr. Srinath Thiruneelakantan (c/o Prof. Dr. Umesh Varshney), Indian Institute of Science, Bangalore

Sponsorzy RNA World

RNA World jest aktualnie prowadzone w całości w oparciu o wolontariuszy. Koszty serwerów są pokrywane ze składek opłacanych przez członków Rechenkraft.net.

Przydatne linki